Многочисленная династия Шибанидов, когда-то правившая на территории Мавераннахра разрослась настолько, что её потомки правили страной и каждым её городом на протяжении многих веков. Само название Шибаниды берет свое начало от имени Шибана, третьего сына Джучи и внука великого Чингисхана. Одна из ветвей Шибанидов, тюрко-монгольская династия чингизидов, правившая Хорезмом и Хорасаном, носила название Арабшахидов. Талантливый правитель этой династии, превосходный политик и стратег Араб Мухаммад хан, одиннадцатый из династии Арабшахидов, правил Хорезмом два десятилетия. Араб Мухаммад хан известен тем, что перенёс столицу своего государства из Ургенча в Хиву, занимался централизацией государства, градостроительством и благоустройством города. Кроме того, это один из немногих правителей, которому удался успех в борьбе с набегами калмыков и казаков.
В 1616 году, в честь переноса столицы, по инициативе Араб Мухаммад хана началось строительство медресе (мусульманское учебное заведение), которое и по сей день носит его имя. Для строительства медресе была выбрана площадка, на которой уже было расположено небольшое медресе, принадлежавшее одной из обеспеченных жительниц города. Хан сумел с ней договориться и выкупил у нее землю для строительства.
Первоначально здание было построено из жженого кирпича и было одноэтажным. Медресе, трапециевидной формы, которому более 400 лет, было неоднократно реконструировано, поэтому его первоначальный облик почти не сохранился. Однако, есть отдельные элементы его, которые сохранились практически нетронутыми с XVII века, такие как деревянные колонны и фрагменты наборной мозаики потолков.
Первая масштабная реконструкция медресе была произведена по инициативе Аллакули хана, пятого правителя из династии Кунграт, который правил Хорезмом в XIX веке. После его реконструкции здание медресе приняло облик, в котором оно и предстаёт перед нами на сегодняшний день.
Внешне медресе Араб Мухаммад хана отличается своей простотой и аскетичностью. Здание стало двухэтажным по его главному фасаду, однако, три остальных его фасада так же остались одноэтажными. Увеличилось количество худжр (комнаты для студентов медресе), порталы здания частично были переделаны, а по углам здания расположились минареты. Еще со времен XVII века здание включает в себя вестибюль (миянхана), комнаты для занятий (дарсхана) и залы.
Кроме того, в медресе имеется собственная мечеть.
Расположенное в центре городских стен Ичан Кала здание медресе Араб Мухаммад хана, является одним из старейших архитектурных памятников Хивы и входит в список объектов культурного наследия Узбекистана.
